例えば myapp ってプロジェクトの下に myapp-common と myapp-web と myapp-api とか作ったとして、 groupId を com.example.myapp ってしたとしても、それぞれのパッケージ名は com.example.myapp.[common|web|api] とか付けなくてよい、というか付けないのが java の作法だか流儀だか流行りだからしい。
というか付けると common の mapper とかを web の中で Autowired できなくなる。（ MapperScan すればできるけどそもそもパッケージ名に余計なものをつけなければよいだけ）